Peu après sa fondation au IXe siècle, le monastère bénédictin a acquis les reliques de Sainte Marie-Madeleine. Alors, la basilique devient un lieu important de pèlerinage. Croyants et marchands y font escale, sur le long et dur chemin qui va à Saint-Jacques de Compostelle. Saint Bernard y prêche la deuxième croisade en 1146. Richard Cœur de Lion et Philippe Auguste s'y retrouvent au départ de la troisième croisade en 1190. Détruite pendant la guerre de Cent Ans, Vézelay accueille en 1557 une grande communauté protestante. Pillée pendant les guerres de Religion, l'abbaye se fait presque raser à la Révolution.